2009年卫生工作计划总的要求是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观和党的十七大精神，稳步推进医药卫生体制改革，实现新型农村合作医疗制度全面覆盖，继续加强公共卫生服务体系和医疗服务体系建设，加快农村和社区卫生工作计划服务发展，做好重大疾病防控和突发公共卫生事件应急处置工作，促进中医药发展，强化医疗卫生监管和法制建设，为北京奥运会顺利召开提供卫生安全保障。
一、深入贯彻党的十七大精神，坚持卫生工作的正确方向
党的十七大提出了全面建设小康社会新的奋斗目标，对建立基本医疗卫生制度，实现人人享有基本医疗卫生服务做出了战略部署。党的十七大明确提出，要坚持公共医疗卫生的公益性质，坚持预防为主、以农村为重点、中西医并重，实行政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开，强化政府责任和投入，完善国民健康政策，建设覆盖城乡居民的公共卫生服务体系、医疗服务体系、医疗保障体系、药品供给保障体系，深化公立医院改革，加强医德医风建设，积极扶持中医药和民族医药事业发展，为群众提供安全、有效、方便、价廉的医疗卫生服务，为卫生改革发展指明了方向和目标。卫生工作的方向是为人民健康服务，本质是坚持公益性质，目标是人人享有基本医疗卫生服务，重点是加强四大体系建设，保障是强化政府责任和投入、完善国民健康政策。
认真贯彻落实党的十七大精神，是卫生系统首要的政治任务。各级卫生部门要在党委和政府的统一领导下，认真组织好党的十七大精神的学习和贯彻落实工作。要高举中国特色社会主义伟大旗帜，坚持走中国特色社会主义卫生发展道路；要全面把握建设小康社会奋斗目标的新要求，建设基本医疗卫生制度，努力实现人人享有基本医疗卫生服务；要紧密联系本地区本单位的工作实际和卫生工作人员的思想实际，坚持学以致用、用以促学，着力解决人民群众反映强烈的突出问题，坚持发展为了人民、发展依靠人民、发展成果由人民共享。
认真贯彻落实党的十七大精神，必须进一步转变卫生行政治理职能，改进机关工作作风，努力建设学习型、法制型、高效型的卫生行政机关，提高卫生决策水平和治理能力。加强重大卫生战略问题研究，坚持依法决策、科学决策和民主决策。全面推进卫生政务公开，公开、透明、及时、准确地向社会发布相关卫生信息，加强电子政务建设。加强卫生信访工作，认真解决群众反映的实际问题。深入开展治理医药购销领域商业贿赂专项工作，探索建立治理商业贿赂的长效机制，果断纠正不正之风。加强医德医风教育，弘扬救死扶伤精神，大力宣传先进集体和模范人物，在全社会树立尊重医学、尊重病人、尊重医疗卫生工作者的良好风气，构建和谐医患关系。立足当前，着眼长远，以增进全民族健康为目标，研究制定“健康中国2020”战略。
二、全面推进医药卫生体制改革，认真组织好医改试点
充分熟悉深化医药卫生体制改革的重要性、紧迫性和艰巨性，认真落实国务院关于深化医药卫生体制改革的指导思想、基本原则、目标任务和政策措施，制定好改革配套文件。医药卫生改革必须坚持以人为本，把维护人民健康权益放在第一位；必须立足于国情，探索中国特色的医药卫生发展道路；必须注重公平效率的统一，实行政府主导与发挥市场机制作用相结合；必须做到统筹兼顾，把完善制度与解决当前群众反映强烈的突出问题结合起来。
明确医药卫生体制改革的重点。一是建立比较完善的城乡公共卫生服务体系、农村三级医疗卫生服务体系和以社区卫生服务为基础的新型城市医疗卫生服务体系，健全职能，明确责任，落实加大政府投入的政策措施，加强人才队伍建设，提高基本医疗卫生服务水平和质量；二是积极促进建立覆盖城乡居民的职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗和医疗救助制度；三是建立国家基本药物制度，保证群众基本用药安全，有效控制药品价格；四是建立比较规范的公立医院治理体制，逐步改革“以药补医”机制，完善经济补偿机制，加大政府投入，严格收支治理，落实公益性质。